Raccoglie i più grandi capolavori di arte pittorica, opere di Tiziano, Raffaello, El Greco, Correggio, Parmigianino, i Carracci, esempi straordinari di un percorso tra le scuole pittoriche italiane ed europee dal ‘400 al ‘700. Un ingente nucleo di pittura fiamminga, di cui fanno parte i capolavori di Brueghel il Vecchio, costituisce un ulteriore importante tassello della collezione. Nucleo di grande fascino e suggestione è la Galleria delle cose rare, una sorta di “camera delle meraviglie” dove sono raccolti bronzi, cristalli di rocca, maioliche, argenti, sapientemente raggruppati intorno al celebre Cofanetto Farnese, straordinario esempio di oreficeria italiana del Cinquecento.

Di particolare interesse le sculture in bronzo di Giambologna e Francesco di Giorgio Martini. Lungo il percorso figurano anche dipinti confluiti nelle raccolte del museo in epoche successive, che integrano le diverse scuole pittoriche con opere dell’importanza della Crocifissione del Masaccio o la Santa Eufemia di Mantegna, quest’ultima proveniente dalla ricchissima collezione Borgia acquisita nel 1817.