Una diversa collocazione di queste varie collezioni in una sede più adeguata era già stata da tempo auspicata da illustri personalità della cultura napoletana, ma la decisione definitiva fu presa solo nel secondo dopoguerra, quando, per iniziativa di Bruno Molajoli, allora Soprintendente alle Gallerie e alle opere d’arte della Campania, la scelta cadde, seppur tra non poche riserve, sulla Reggia di Capodimonte: decisione non del tutto casuale, dal momento che dalla metà del ‘700 e fino al 1799 il severo edificio eretto nel vasto parco collinare aveva ospitato al ‘piano nobile’ – primo e unico museo visitabile e presente allora a Napoli – le raccolte farnesiane e borboniche. Dagli inizi dell’800 e fino all’arrivo dei Savoia nel 1861 era stato, invece, utilizzato esclusivamente come residenza di corte; anche se, dopo l’Unità, quando venne abitato dai Duchi d’Aosta, il ‘piano nobile’ era stato adibito alla sistemazione, con criteri museali, di sculture e dipinti ottocenteschi, di porcellane napoletane ed europee, di arazzi e di altri pregevoli manufatti di prevalente produzione napoletana e dei due nuclei farnesiani e borbonici della celebre Armeria Reale.

Su progetto di Ezio De Felice e con la collaborazione, con compiti diversi, di Ferdinando Bologna in particolare, di Raffaello Causa e di Oreste Ferrari, i lavori per la realizzazione del nuovo Museo, finanziati dalla Cassa per il Mezzogiorno, furono avviati solo agli inizi degli anni Cinquanta, nel clima di diffuso entusiasmo per la vasta opera di ricostruzione dell’intero Paese, ma terminarono in tempi per allora relativamente brevi.

Con il nuovo allestimento nei sontuosi ambienti al ‘piano nobile’ delle raccolte ottocentesche e degli oggetti d’arte destinati all’arredo dell’Appartamento Storico, ma, soprattutto, con la ristrutturazione degli spazi del secondo piano, dove fu realizzata la nuova Pinacoteca, e del sottotetto, adibiti a laboratori di restauro e a depositi di opere d’arte, la Reggia venne interamente destinata a museo, con annessa biblioteca aperta al pubblico e con una foresteria per gli studiosi italiani e stranieri.

La scelta operata da Molajoli e il risultato degli interventi condotti da De Felice apparvero decisamente all’avanguardia e di grande efficacia in ogni caso, per i criteri museografici e allestivi adottati, esemplari sia in Italia che a livello internazionale.

Più tardi, con la presentazione di alcune mostre sulle arti a Napoli nel Seicento e nel Settecento, su Caravaggio e il suo tempo e con una rassegna degli impressionisti francesi nei musei americani, si riuscì a risvegliare interessi, a lungo sopiti, degli stessi napoletani facendo riscoprire l’altissimo livello di civiltà cui la città, malgrado i suoi mille problemi e le infinite contraddizioni, era stata capace di elevarsi nei secoli passati, concorrendo, da una parte, ad incrementare il numero dei visitatori del Museo, dall’altra, a porre il problema della opportunità d’intervenire con urgenza per una diversa distribuzione delle sue raccolte permanenti, così da legarle più strettamente e più visibilmente alle varie vicende che si erano succedute nella Reggia e ai diversi aspetti e momenti della storia delle arti a Napoli.
Una operazione, questa, avviata nella seconda metà degli anni Ottanta, quando, grazie a cospicue risorse finanziarie rese disponibili con i fondi F.I.O., fu elaborato un vasto progetto mirante, da un lato, al rifacimento d’impianti e strutture ormai obsoleti, dall’altro ad una nuova presentazione delle raccolte museali per nuclei storici e collezioni dinastiche.

I lavori per la realizzazione di questi nuovi interventi, iniziati alla fine degli anni Ottanta, si conclusero in parte, seppur tra mille difficoltà e con estenuante lentezza, con l'inaugurazione, il 28 settembre 1995, della mostra sull’arte alla corte dei Farnese, allestita nelle sontuose e restaurate sale rinnovate al ‘piano nobile’, nelle quali poi, riproponendo la stessa collocazione di metà ‘700, sono stati esposti dipinti e oggetti appartenenti alla celebre raccolta farnesiana e si è data nuova successione cronologica ai manufatti d’arredo e di epoche diverse dell’Appartamento Reale.

Tra il 1996 e il 1998, in coincidenza con due successive mostre di arte contemporanea e sulle arti a Napoli nell’800, sono stati poi completati gli interventi previsti nelle sale del secondo piano e negli ambienti del sottotetto: nelle prime sono stati collocati – quasi a voler ricreare quella ‘galleria napoletana’ ideata da Gioacchino Murat per quello che sarebbe poi diventato il Real Museo Borbonico – dipinti e sculture di quei maestri che, sebbene di varia provenienza o formazione, tutti segnarono profondamente la vicenda artistica napoletana dal Due al Settecento; nello stesso piano e nei vasti ambienti del sottotetto completamente ristrutturati è stata, invece, provvisoriamente esposta una selezione di opere dell’800 e di quegli artisti che, per un legame ideale e culturale con Napoli e il suo prestigioso patrimonio di storia e di arte, avevano fin dal 1978 esposto a Capodimonte: primo e finora unico caso in Italia, per un museo d’arte medievale e moderna, di una sezione riservata al contemporaneo, per una feconda ‘contaminazione’ tra antico e nuovo, passato e presente.

Con la restituzione alla sua doppia e originaria connotazione di residenza regale e di prestigiosa sede museale; con l’apertura dei suoi spazi museali all’arte contemporanea; con la recente presentazione, nelle stesse sale del Museo, di mostre d’alto rilievo culturale (dall’ultimo Caravaggio a Velázquez e al ritratto di corte al tempo di Tiziano, Omaggio a Capodimonte, Salvator Rosa); con l’aggiunta recente di nuovi acquisti dal Quattro all’Ottocento e, per il contemporaneo, con importanti prestiti privati ‘a lungo termine’, Capodimonte, il nuovo Museo di Capodimonte, ha ormai compiuto i cinquant’anni di età